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紫金山天文台是我国自己建立的第一个现代天文学机构，是首批被国务院学位委员会授予的天体物理、天体测量和天体力学两个学科的博士、硕士学位点以及天文学一级学科点，并设有博士后流动站。拥有射电天文和空间天文两个实验室，天体物理和天体力学两个研究部，三个野外观测站，其中青海观测站是我国目前唯一的大型毫米波射电天文观测站，站内装备了具有国际先进水平的13.7米毫米波射电望远镜。

中科院射电天文联合开放实验室、中科院人卫系统中心以及中国天文学会均挂靠在紫金山天文台。同时，紫金山天文台还是历书和小行星研究的权威机构，与国外40多个国家和地区240多个天文机构有合作关系，在国内外享有很高的声誉。