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百山祖自然保护区位于中国浙江省西南庆元县境内， 核心保证区面积10880.lha，水平分布南北跨近0.5纬度。最高峰海拨1856.7m，被誉为“百山之祖”，是瓯江、闽江、福安江的发源地，被称为“三江之源”。

保护区位于有夏雨的热带——暖温带(海洋性)群落交错区，是亚洲一个特殊区域。山峦起伏，溪流纵横，气候湿润，雨量充沛，自然条件十分优越，动植物资源极为丰富，已知种子植物2005种，蕨类236种，苔鲜327种，大型森林真菌256种，其中国家保护的珍稀濒危植物有约40余种。 在大片原始状态的森林植被中，有1987年由国际物种保护委员会(SSC)公布列为世界濒危的12 种植物之一的百山祖冷杉，它是第四纪山地冰川气候的残贵物种；同时保存下来的还有南方钱杉、江南油杉、长叶榧等针叶树和木兰科、八角科、金缕梅科等植物组成的古老植物群。本区所处区系复杂，热带成分与温带成分几乎相等，呈明显过度性，是华南与华东植物区的连接地带，植被组成明显的垂直带谱系列，自下而上为：常绿阔叶林、常绿落叶混交林、落叶林、矮曲林、灌丛、稀灌草甸和草坡，林内有多种食用、药用菌，被誉为“植物性食品的顶峰”的香菇，其人工种植技术便发源于此，香港中文大学生物系主任，热带菇类学会主席张树庭教授考察后题写了“香菇之源”题词。
野生动物仅脊椎动物就有250余种，昆虫2192种。列为国家保护的有：华南虎、云豹、黄腹角雉、猕猴、大灵猫、白鹇、大鲵、中华虎风蝶等60余种，是一处十分难得的森林生态和生物多样性自然保护区，美国国家植物研究教授DrTheodord .R. Dudley到考察后说这，是一处“被人遗忘的角落”， 是国内外学者十分向往探索的地方。
保护区的风景自然优美，环境幽静，年均温度为12.8℃，是夏日游览避暑之胜地。现已开发的景点有百山祖日出、百山祖云海、百瀑沟景区、茶木淤度假区、森林浴场、冰瀑等三十余处。